ศาลเจ้าพ่อหลักเมืองถือได้ว่าเป็นสิ่งศักดิ์คู่บ้านคู่เมือง ซึ่งชาวจังหวัดราชบุรีเคารพบูชากราบไหวมาตั้งแต่สมัยบรรพบุรุษ แต่ก่อนที่จะทราบถึงประวัติความเป็นมาของศาลเจ้าพ่อหลักเมืองจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องทราบถึงประวัติศาสตร์ความเป็นมาของเมืองราชบุรีในสมัยโบราณควบคู่กันไปเนื่องจากมีความสัมพันธ์เกี่ยวข้องกับศาลเจ้าพ่อหลักเมืองด้วย
เมืองราชบุรีในสมัยโบราณ ได้มีการสร้างและโยกย้ายไปหลายแห่งในอาณาบริเวณไม่สู้ห่างไกลจากกันมากนัก พื้นแผ่นดินซึ่งที่ตั้งจังหวัดราชบุรีในปัจจุบันนี้ จากหลักฐานทางโบราณวัตถุและโบราณสถานที่ได้ค้นพบ ทำให้เชื่อได้ว่า มีผู้คนตั้งถิ่นฐานอยู่มาตั้งแต่ยุคหินกลาง มีอายุประมาณ 10,000 ปีมาแล้ว แต่หลักฐานเกี่ยวกับการสร้างบ้านแปลงเมืองนั้น ได้ปรากฏหลักฐานแน่ชัดในสมัยทวารวดี หลังจากที่ได้ค้นพบโบราณสถานสมัยทวารดี ที่ตำบลคูบัว อำเภอเมืองราชบุรี แล้วซึ่งทำให้เชื่อได้ว่าตำบลคูบัวนี้เคยเป็นที่ตั้งเมืองราชบุรีเก่า
ครั้นถึงสมัยลพบุรี เมืองราชบุรีได้ย้ายมาตั้งอยู่บริเวณวัดมหาธาตุ โดยมีศูนย์กลางอยู่ที่วัดมหาธาตุหรือมีวัดมหาธาตุเป็นแกนเมือง ตั้งอยู่ ณ ริมแม่น้ำเฃแม่กลองฝั่งตะวันตก (ฝั่งขวา) ส่วนนอกเมืองก็จะมีวัดอรัญญิก ซึ่งบริเวณเมืองราชบุรีในสมัยลพบุรีนี้อยู่ในเขตท้องที่ ตำบลเจดีย์หัก และตำบลหลุมดิน ส่วนหนึ่งของเนินดิน กำแพงเมืองด้านตะวันออก ถูกถมทำเป็นถนนสายที่ผ่านไปยังเขางู เมืองราชบุรี ซึ่งมีศูนย์กลางอยู่ที่วัดมหาธาตุนั้น เท่าที่ปรากฏหลักฐานได้ตั้งอยู่เป็นเวลาหลายร้อยปี นับว่าเป็นเมืองตั้งอยู่ที่เดิมได้นานที่สุดเมืองหนึ่งในประเทศไทย มีอายุยืนนานมาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระองค์ทรงดำริว่าที่ตั้งเมืองวซึ่งอยู่ทางฝั่งตะวันตกหรือฝั่งขวาของแม่น้ำแม่กลองเสียเปรียบในเชิงยุทธศาสตร์กับพม่าที่เข้ามารุกรานอยู่เสมอ จึงได้โปรดเกล้าให้ย้ายเมืองไปตั้งทางฝั่งตะวันออกหรือฝั่งซ้ายของแม่น้ำแม่กลอง เพื่อให้ข้าศึกเข้าถึงตัวเมืองได้ยากขึ้น และมีทางถอยเมื่อเสียเปรียบ การย้ายเมืองครั้งนี้ได้มีการกำหนดฤกษ์ทำพิธีฝังหลักเมืองด้วย
พิธีการฝังหลักเมือง
จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์และโบราณคดี ในยุคก่อนกรุงรัตนโกสินทร์มิได้มีการกล่าวหรืออ้างอิงในเรื่องของหลักเมืองเลย จนกระทั่งมาถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย(รัชกาลที่ 2) ได้มีการย้ายเมืองราชบุรีตามที่ได้กล่าวมาแล้ว และปรากฏหลักฐานว่า ทรงจัดให้มีพิธีฝังหลักเมือง มีการสมโภช 3 วัน 3 คืน ตั้งแต่วันอังคาร แรม 13 ค่ำ เดือน 6 ปีฉลู จุลศักราช 1179 พ.ศ.2360 จนถึงวันพฤหัสบดี แรม 15 ค่ำ เวลา 7.00 นาฬิกา ถึงกำหนดฤกษ์ฝังหลักเมือง ซึ่งก็สรุปได้ว่า หลักเมืองราชบุรีเรียกกันว่าศาลเจ้าพ่อหลักเมืองนั้น ตั้งขึ้นครั้งแรกในสมัยรัชกาลที่ 2 นั่นเอง เมื่อฝังหลักเมืองตามตามกำหนดฤกษ์แล้วจึงได้มีการก่อสร้างกำแพงเมืองก่อด้วยอิฐถือปูน มีใบเสมา มีป้อม 6 ป้อม มีประตู 6 ประตู และยังก่อสร้างสิ่งอื่นๆ อีกด้วย
ปัจจุบันศาลเจ้าพ่อหลักเมืองก็ยังคงอยู่ในบริเวณกำแพงเมืองเก่า ถึงแม้นว่าในในปี พ.ศ.2440 ได้มีการย้ายศาลากลางจังหวัด ซึ่งเดิมตั้งอยู่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำแม่กลอง(ในกำแพงเมือง) มารวมกันกับศาลาว่าการมณฑลฝั่งขวาของแม่น้ำแม่กลองก็ตาม แต่ศาลเจ้าพ่อหลักเมืองก็ยังคงตั้งอยู่ที่เดิมต่อมาในปี พ.ศ.2448 ในบริเวณกำแพงเมืองได้เป็นที่ตั้งของกองพลทหารบกที่ 4 ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ตั้งของค่ายทหาร “ ค่ายภาณุรังษี ” มีกรมการทหารช่าง และจังหวัดทหารบกราชบุรี เมื่อกรมการทหารช่างตั้งอยู่ในบริเวณกำแพงเมือง ซึ่งมีศาลเจ้าพ่อหลักเมืองอยู่ด้วยก็มีความจำเป็นต้องดูแลและทำนุบำรุงรักษาบริเวณศาลเจ้าพ่อหลักเมืองด้วย ซึ่งภายหลังทางกรมศิลปากรได้ออกแบสร้างศาลขึ้นมาใหม่ และในปี พ.ศ.2527 กรมการทหารช่างได้ออกแบบและซ่อมปรับปรุงใหม่อย่างสวยงามจนถึงปัจจุบัน